科学计算程序的代码组织方式？

自己的研究课题是用 Python + Jupyter Notebook 写的

随着代码量一步步加大，就有了组织的问题

以前写 Ruby on Rails 的时候，是 MVC 的代码组织，结构很清晰

但是对于科学计算类、数据分析类的程序，主要不是通过网页（ view ）来展现数据库中的数据。

涉及到很多数据计算等等，不知道有什么相应的代码组织的方式？

我目前的话 ( https://github.com/cqcn1991/Wind-Speed-Analysis )，一些基本的组织方式参考了 Rails

data/
helpers/
output/
lib/
my_notebook.ipynb
import_file.py
environment.yml

也就是把一些方法抽象成函数，放到 helpers.py

但是还有一些需要解耦的问题（类似 controller 和 view ），完全不清楚怎么弄

不知道有没有什么类似的项目？可以拿来参考的？